Важным моментом в случае применения режимов интервальной гипокси-гипероксической терапии (ИГГТ) в цикличном варианте является чередование периодов дозированной гипоксии (когда наблюдается активация всех механизмов транспорта и утилизации О2) и реоксигенации (когда происходит восстановление исходного уровня кислородного снабжения организма на фоне повышенной активности механизмов его транспорта и утилизации).

В момент реоксигенации в клетке происходит индукция активных форм кислорода (АФК), запускающих каскад редокс-сигнального пути в клетке, что приводит к формированию адаптационного ответа и повышению резистентности. Важнейшим следствием инициации редокс-сигнализации является активация факторов транскрипции: NF-kB, АР-1, HIF-1a, HIF-3a, индуцирующих защитные белки, среди которых – ферменты антиоксидантной защиты, белки семейства HSP, Fe-регулируюшие белки, ферменты репарации, пероксиредоксины. В результате клетки насыщаются протекторными молекулами, причем сформированная эндогенно защита эффективней внешней, при экзогенных добавках. Повторная, ограниченная генерация АФК является механизмом повышения резистентности организма при стрессе, физической тренировки, холодовой адаптации, введении адаптогенов, или интервальной гипоксии.

Индукция АФК зависит от степени создаваемой тканевой гипоксии, однако существуют ограничения в использовании для гипоксического прекондиционирования гипоксических смесей с содержанием кислорода менее 10% (есть лишь единичные исследования применения ГГС с 8-10% О2 для тренировки элитных спортсменов ).
Замена периодов нормоксии на гипероксические (30-40% О2) существенно увеличивает амплитуду воздействующего тренирующего фактора, что усиливает АФК – сигнал без углубления гипоксии.

Новый вид адаптации к гипоксии и умеренной гипероксии, по сравнению с гипоксией-нормоксией, отличается более ранним повышением резистентности мембранных структур. Экспериментальные исследования показали, что применение для тренировки крыс режима гипоксия – гипероксия (по 5 минут в течение 1 часа) в сравнении с традиционным режимом интервальной гипоксически-нормоксической тренировки оказывает более выраженные мембранстабилизирующие эффекты, более существенно повышает устойчивость клеток печени и мозга к действию активных форм кислорода, повышает гипоксическую устойчивость тканей печени, причем эти эффекты оказываются устойчивыми и развиваются значительно быстрее эффекты оказываются устойчивыми и развиваются значительно быстрее.
Также было показано, что режим «гипоксия-гипероксия» оптимизирует гипоксическую (устойчивость к гипоксии) и стрессорную(экономичность работы организма при воздействии неблагоприятного фактора) компоненты в системных реакциях адаптации.